獨立學院現(xiàn)有兩種治理情況：一種是校中校，即公立大學與自己所屬公有產(chǎn)權合作成立的獨立學院，這樣的學院實質(zhì)上只有一個辦學主體。由于這類學院充分享受母校的教育教學資源，母校對其擁有絕對的控制，所以這種治理結構管理成本低。另一種獨立學院是契約性質(zhì)的，即公立大學與投資方簽定協(xié)議，約定獨立學院在沒有預算之前先交學費的20%—40%給舉辦方。投資者憑借對獨立學院的投資獲取對學校的控制權，形成學院投資方的控制模式。這種治理模式的主要弊端是投資方直接影響學校法人治理結構，影響學校的定位、社會責任和發(fā)展戰(zhàn)略。此外，由于投資者擁有對學校高層管理人員的選聘權力，在董事會與院長之間難以建立一種有效的利益制衡機制，這就會導致獨立學院公司化傾向。

　　從教育的本質(zhì)來看，對高等教育產(chǎn)品的提供，理想的應該是非營利組織模式。獨立學院的治理模式應該是以滿足社會公益為目的的“共同治理”。這種治理結構能夠吸收投資者、社會賢達和具有法律規(guī)定資質(zhì)的教育工作者以及與學校具有直接利益相關者進入董事會、監(jiān)事會。投資者會從資本的角度考慮學校的發(fā)展和運轉(zhuǎn)，學校校長會從學校教育教學的角度去考慮學校的發(fā)展，而社會賢達則相當于企業(yè)中的獨立董事，應該是社會利益的代表者，這樣的一個決策機構首先從人員構成上，就能夠為學校教育目標的實現(xiàn)和資源使用效率的提高，經(jīng)濟利益的獲得提供一種組織上的保證。

　　共同治理模式的核心是通過學校章程等制度安排來確保各個利益主體具有平等參與學校管理決策的機會，同時又依靠相互監(jiān)督的機制來制衡各利益主體的行為，適當?shù)耐镀睓C制和利益約束機制則用來穩(wěn)定合作的基礎，并達到利益主體行為統(tǒng)一滿足社會公共利益需要這一共同目標。共同治理結構模式包括董事會和監(jiān)事會兩個并行的機制，董事會中的共同治理機制確保利益主體有平等的機會參與學校重大決策，監(jiān)事會中的共同治理機制則是確保各個產(chǎn)權主體平等地享有監(jiān)督權，從而實現(xiàn)相互制衡。

　　設計獨立學院合理的治理結構、法律支撐時應遵循幾條基本原則：獨立學院是大學而不是公司，必須體現(xiàn)公益性的價值觀；是人力資本的載體，必須體現(xiàn)知識資本的力量；有民間資本的進入，必須體現(xiàn)資本的力量；按民辦機制創(chuàng)辦的大學，必須利用市場的機制運營。獨立學院的股權結構必須體現(xiàn)知識資本、貨幣資本與人力資本三種力量。獨立學院要形成投資方的投資、學院學費結余轉(zhuǎn)化成的投資、公立大學的無形資產(chǎn)、政府的招生政策支持等轉(zhuǎn)化成的實物資本、無形資本和知識資本如何形成合理的股權結構和治理結構。公立大學的校名、校譽、專業(yè)設置、師資隊伍、管理經(jīng)驗這部分無形資產(chǎn)應該轉(zhuǎn)化成獨立學院的投資資本并形成股權，但不應是公立大學的合理回報，而應轉(zhuǎn)化成國家公共資本，或者社會資本，并由教育管理專家組成的社團進行管理。

　　多邊治理的獨立學院首先要形成董事會、監(jiān)事會和學院管理層的制衡機制。要確定投資方與院長之間的剩余控制權的分配問題，要平衡投資方與院長在教育規(guī)律與市場規(guī)律沖突問題，要借鑒治理結構理論中的利益相關者的理論形成獨立學院學生、教師權益與舉辦方權益分配的問題，要解決作為獨立學院代理人和知識資本代表的院長與作為資本力量的投資方的委托人之間關于資本的逐利性和公益性的矛盾問題，要構建獨立學院的利益相關者共同治理的框架。我們希望把獨立學院看作具有社會性的社會機構，從而為把社會責任納入獨立學院的目標體系奠定理論基礎。

　　在我國現(xiàn)階段，獨立學院建設與運行經(jīng)費主要靠學費、銀行貸款及建筑商、材料供應商的墊款。由于不少獨立學院投資方缺乏資金，或者融資出現(xiàn)問題，在不斷轉(zhuǎn)賣與公立大學簽訂的關于獨立學院的合作協(xié)議，而且是在信息不對稱，不斷溢價的情況下轉(zhuǎn)賣合同，導致不少獨立學院和公立大學的無形資產(chǎn)受到侵犯并隱含社會穩(wěn)定問題。要深入探討獨立學院債權與股權兩種可以相互替代的治理關系及財務控制問題。根據(jù)獨立學院利益相關者都有監(jiān)控或參與學院財務控制權力的情況，可以就如何構建一種基于共同治理的財務控制權和財務收益分享權的制度安排進行研究探索。

　　獨立學院的發(fā)展需要法律支撐，而治理結構本質(zhì)上是一套經(jīng)濟與法律制度，并可以通過這種制度優(yōu)化治理結構。當前獨立學院存在的重要問題是產(chǎn)權不明晰。為此，要確定獨立學院是社會力量辦學的一種形式，是股份制的一種形式。出臺或者修改的法律文件要比較好地解決獨立學院的學生、教師和學院自身權益保護問題。我們認為，獨立學院發(fā)展可能有三種道路：一是不利用公立大學的品牌、專業(yè)與師資，成為一個純民辦的大學;二是走回頭路，民間資本退出，成為公立大學的一個新的二級學院;三是使獨立學院成為一個產(chǎn)權明晰的股份制大學，公立大學現(xiàn)在收管理費的做法，一定要轉(zhuǎn)化成股份，這部分股份可以是公立大學占有，也可能是由社團組織占有。獨立學院發(fā)展的過程就是產(chǎn)權明晰的過程，是獨立學院股權優(yōu)化的過程、治理結構合理的過程?！。ㄗ髡呦到瓭h大學文理學院院長、教授）